车公庙地铁站位于深圳市福田区深南大道与香蜜湖立交桥交叉口西侧。是深圳地铁1号线、7号线、9号线、11号线四线换乘的大型枢纽站之一。新车站月台将设在香蜜湖路地底，与1号线车站间设有地下换乘通道。地铁1号线、7号线、9号线、11号线于香蜜湖立交桥西南角形成综合换乘体。采用三层双岛平行换乘形式，9号线为侧式车站，11号线为叠岛式站台。其中1号线与11号线平行布置，通过站厅换乘，1/11号线与7/9号线车站呈“¬”型布置，通过换乘大厅换乘。以灰色清水的为主色调，设有2面艺术文化墙，体现7号线的时代感和绿色环保特色。

站台形式为地下岛式。